Ali Türkşen, 16 Eylül 1965 tarihinde Mustafakemalpaşa-Bursa’da doğdu. İlk ve ortaöğrenimini Ankara, Bandırma, Değirmendere ve Gölcük’te tamamladı. 1987 yılında Deniz Harp Okulu makine bölümünden Deniz Teğmen rütbesiyle mezun oldu. TCG Kozlu mayın tarama gemisinde seyir/harekât subayı ve kısa süreyle TCSG-27 botunda ikinci komutanlık görevlerinin ardından 1989 yılında 16. dönem SAT (Sualtı Taarruz) kursundan birincilikle mezun oldu. 1990-1997 yılları arasında SAT Grup Komutanlığında SAT tim komutanı ve SAT özel ihtisas kursunda harekât subayı olarak görev yaptı.
1993 yılında Akdeniz açıklarında 14,5 ton uyuşturucuyla ele geçirilen Lucky-S gemisine yapılan başarılı harekât ve 1996 yılında Türkiye ve Yunanistan'ı savaşın eşiğine getiren Kardak Krizinde kayalıklara Türk bayrağını diken SAT Komando timinin komutanı olarak görev aldı.